On suppose que des Juifs vivaient à Wolfisheim au Moyen Âge.
Selon les Erfurter Annalen une persécution antijuive s'est produite en 1235 dans la villa Wolfesheim, pendant laquelle 18 Juifs ont été tués, accusés du meurtre d'un Chrétien. Cependant, les historiens ne sont pas entièrement sûrs que le Wolfesheim mentionné corresponde à l'actuel Wolfisheim. Certains pensent que les annales font référence à la ville de Wolfhagen près de Cassel en Allemagne.
 
La communauté juive moderne remonte au XVIIIe siècle. Les Juifs ont alors l'interdiction d'habiter Strasbourg. Ils peuvent s'y rendre pour faire du commerce, mais doivent quitter la ville avant la tombée de la nuit. Beaucoup s'installent dans les petites villes et villages alentour. Lors du recensement du 14 février 1785, 14 familles juives, faisant un total de 80 personnes vivent à Wolfisheim. Leur nombre va croître tout au long du XIXe siècle, passant de 83 habitants juifs en 1809 à 161 en 1846, à 214 en 1881 pour atteindre un maximum de 229 en 1870.
Au 1er décembre 1880, le village comptait 168 maisons et 965 habitants dont 627 protestants, 196 israélites et 142 catholiques.​
Par la suite, ce nombre va diminuer à la suite de l'annexion de l'Alsace-Lorraine par l'Empire allemand, amenant certains à partir pour la France pour conserver la nationalité française et en 1910, on compte 165 Juifs.
La communauté juive possède une synagogue, un cimetière, un mikvé (bain rituel), une école juive, qui fonctionnera jusqu'en 1914,
L'enseignant en tant que hazzan (chantre), conduit les offices et occupe aussi le poste de shohet (abatteur rituel). La communauté est rattachée au rabbinat de Strasbourg.
En 1936, 114 Juifs vivent à Wolfisheim. Comme la majorité des Alsaciens, ils sont évacués en 1940 avant l'invasion allemande, dans le sud de la France, dans la région de Périgueux.
 
Après la guerre, certains reviendront et reformeront une communauté. En 1953, on compte 31 Juifs et en 1965, 65.

Actuellement, la communauté fonctionne grâce au regroupement des fidèles d'Eckbolsheim et d'Oberschaeffolsheim avec  celle de Wolfisheim 
L'école juive , devenue propriété communale, a servi comme école primaire puis a fait office d'école maternelle dans les années 1960 avant de devenir bibliothèque municipale en 1994.
 
Peu  de familles juives vivent encore dans les trois villages car beaucoup  sont parties vers des communautés plus importantes et en particulier vers Strasbourg mais la synagogue de Wolfisheim fonctionne tous les samedis matins et bien entendu durant les fêtes.

Les différentes commissions administratives qui se sont succédé ont toutes fait le maximum  pour que  la communauté reste pérenne et puisse profiter de sa proximité avec Strasbourg . Leur objectif  a toujours été et reste que son magnifique patrimoine soit dans le meilleur état possible et puisse continuer à être utilisé par ses fidèles 
 
Les derniers présidents de la communauté connus sont les suivants :
- Marx MEYER (1846-1931) président lors de l'inauguration de la Synagogue et jusqu'en 1928 avec un intérim de Seligmann MEYER entre 1898 et 1901
- Gaston MEYER (1886-1965)(père de Georgette et Edmée) jusqu'à son décès, président de 1933 à son décès
- Gaston MEYER (1887-1977)( père d'Eliane) de 1965 à 1966
- Gérard STRAUSS ( 1922-1987) (père de Muriel et Thierry ) président de 1966 jusqu'en 1982
- Marcel LEVY BOMPET (1900-1985)(père de Sylviane et Denis) président de 1982 à 1984
- Edgar  HERRMANN (1914-1995) ( père de Jean et Claude ),président de 1984 à 1995
- Claude KAHN(1931-2015 ) (père de Marcel, Dani, Laurent ,Françoise) président de 1995 à 2015
- David RIAHI 
Les derniers ministre officiants (hazanim)connus sont les suivants :
-Germain BICKART  jusqu'à son décès en 1927
-Michel WEILL jusqu'à son décès en 1928
-Isaac SINGER(1868-1958)à partir de 1900 à Oberschaeffolsheim , puis à WOLFISHEIM jusqu'en 1954
-Henri Ackermann, Claude BLOCH , Marc MEYER ( futur rabbin de Saint Louis) , d'autres encore pour des périodes non significatives
- Jean HERRMANN de 1965 à 1980
-Thierry STRAUSS de 1980 à 1987 
-Jacky HERRMANN de 1987 à 1993 
-De 1965 à 1994 la lecture de la Torah a été assurée par Claude HERRMANN , Léon COHEN et Joseph ABISHIRA 
-De 1994 à 2015 divers étudiants à la demande de M.KAHN président pendant cette période .M.RIAHI, le nouveau président a continué avec la même équipe jusqu'en 2019 
-Avi KLINGS depuis OCTOBRE 2019 


Le souvenir des personnes qui ont vécu et prié dans la  synagogue, est perpétué par un tableau qui permet de rappeler les disparus par des plaquettes individuelles portant leurs noms et en même temps de participer financièrement à la sauvegarde de ce lieu de prières.